« Los virus buenos | Portada del Blog | Las bacterias aliadas »

Ni peste ni ornitorrincos: cuando el ADN miente

    viernes 13.feb.2015    por Pepe Cervera    0 Comentarios

Un completo análisis a gran escala de muestras de ADN obtenidas en el metro de Nueva York ha dado algunos resultados interesantes que la prensa ha aireado con su característica ecuanimidad. Las noticias hablaban de organismos desconocidos y subrayaban la presencia de ADN de las bacterias que causan la Peste Bubónica o el Ántrax, e incluso de bacterias multirresistentes del tipo que se están convirtiendo en pesadilla en muchos hospitales. Los titulares eran alarmantes, por decirlo con suavidad: peste y ántrax en el metro. Pero como explica Ed Yong en un artículo de su blog en National Geographic, la cosa es mucho menos espectacular: no hay pruebas de que estas bacterias sean capaces de contagiar a ningún pasajero del transporte público neoyorquino. Ni siquiera podemos estar seguros de que la peste o el ántrax estén presentes, aún en una forma no peligrosa. Y la clave es el modo como se identifican las muestras de ADN: una cuestión de gran interés, ya que es la misma técnica usada en otras aplicaciones, como la búsqueda de nuevas especies de microorganismos. El problema es que el Big Data aplicado a ADN tiene sus limitaciones, que deben ser tenidas en cuenta tanto al proclamar la presencia de Yersinia pestis en un lugar o la existencia de nuevos microbios desconocidos.

Platypus

La técnica empleada en las muestras del metro de Nueva York consiste en analizar en conjunto todo el ADN encontrado en cada muestra para después cortarlo en pequeños fragmentos y secuenciar estos trozos. Las secuencias de estos múltiples fragmentos se comparan después con las bases de datos que contienen los datos de especies conocidas. Cuando múltiples fragmentos aparecen como idénticos a los de un organismo conocido se asume que el ADN original contenía restos de ese organismo. El problema es que todos los organismos vivos del planeta Tierra estamos emparentados, lo que significa que compartimos secuencias, sobre todo cuando éstas son pequeñas. La técnica se fija sobre todo en los parecidos, pero no es muy sensible a las pequeñas diferencias, lo cual crea un grave problema de falsos positivos. En el artículo de Yong se cita un análisis de muestras procedentes de un campo de cultivo de tomates en Virginia, EE UU, en el que esta técnica anunció la presencia de ornitorrincos. Dado que este simpático mamífero ovíparo con pico de pato no es conocido en los EE UU el dato era como poco sorprendente. Pero al comparar 19.000 secuencias de organismos disponibles públicamente del mismo modo resultó que al menos un tercio daban positivo para ornitorrinco, sin serlo. La secuenciación del ADN, una técnica ya muy automatizada y depurada, no es el problema: el error está en los métodos estadísticos de análisis que asignan presencia o ausencia de organismos en función del número de positivos, y que deberán ser refinados. La analítica bioquímica está por ahora por delante de la estadística, y produce monstruos. Como peste y ántrax en el metro de Nueva York, aunque no (ay) extraterrestres como los de Men in Black. Una pena.

«Platypus» de Stefan Kraft - Selbst fotografiert am 20.9.2004 im Sydney Aquarium. Disponible bajo la licencia CC BY-SA 3.0 vía Wikimedia Commons.

Pepe Cervera   13.feb.2015 11:48    

0 Comentarios

Esto es solo una previsualización.Su comentario aun no ha sido aprobado.

Ocupado...
Your comment could not be posted. Error type:
Su comentario ha sido registrado. Los comentarios no aparecerán hasta que sean aprobados. Haga click aquí si desea publicar otro comentario

Las letras y números que has introducido no coinciden con los de la imagen. Por favor, inténtalo de nuevo.

Como paso final antes de publicar el comentario, introduce las letras y números que se ven en la imagen de abajo. Esto es necesario para impedir comentarios de programas automáticos.

¿No puedes leer bien esta imagen? Ver una alternativa.

Ocupado...

Los comentarios están moderados y no estarán visibles hasta que sean aprobados.

Mi comentario

Pepe Cervera

Bio Retiario

Pepe Cervera es periodista, biólogo y, entre muchas otras cosas, profesor de la Universidad Rey Juan Carlos. Colabora con diversos medios y es un apasionado de Internet.
Ver perfil »

Síguenos en...

Últimos comentarios